استاد الهی خراسانی در دوران تحصیل خود، از خرمن اساتید سترگی خوشه چیده است، و پس از آن نیز هماره ارتباط علمی و معنوی خویش با اساتیدش را همراه با حقشناسی و تکریم ایشان، نگاه داشته است.
به علاوه، عادت دیرین استاد الهی در اهتمام به مجالست علمی با عالمان بزرگ، وی را خوشهچین افادات و نکات و ظرایف علمی ساخته و بعضی از آنها را در یادداشتهای خود منعکس کرده است.
مهمترین اساتید ایشان در دوران تحصیل، به ترتیب تاریخ وفات عبارتند از:
- مرحوم آیت الله شیخ مجتبی قزوینی (متوفای ۱۳۴۶ش. = ۱۳۸۶ق.)، استاد معارف وحیانی و عرفان مجسّم الهی؛
- مرحوم آیت الله العظمی سیدهادی میلانی (متوفای 1354ش. = 1395ق.)، نابغة اصول و فقه و فلسفه و تفسیر و حدیث و مرجع نواندیش و مبارز؛
- مرحوم علامه محمدتقی ادیب نیشابوری (متوفای 1355ش.= 1396ق.)، استاد یگانة زبان و ادب عربی و نماد وارستگی؛
- حجت الاسلام والمسلمین شهید سیدعبدالکریم هاشمینژآد (شهادت 1360ش.= 1402ق.)، عالم مبارز و خطیب مجاهد؛
- مرحوم آیت الله العظمی سید عبدالله شیرازی (متوفای 1363ش.= 1405ق.)، فقیه مجاهد و شاگرد مبرز آقا ضیاء الدین عراقی؛
- مرحوم آیت الله میرزا جواد تهرانی (متوفای 1368ش.= 1410ق.)، مفسر قرآن و مربی و اسوة اخلاق، و مدافع حریم عقیدتی اهل بیت (ع)؛
- مرحوم آیت الله سید ابراهیم علم الهدی (متوفای 1378ش.= 1420ق.)، اصولی متبحر و شارح مبانی محقق اصفهانی (کمپانی)؛
- حجت الاسلام والمسلمین استاد کاظم مدیر شانهچی (متوفای1381ش.= 1424ق.) ، محقق و استاد بزرگ حدیث و فقه، و نماد تواضع؛
- مرحوم آیت الله میرزا حسنعلی مروارید (متوفای 1383ش.= 1425ق.)، استاد پارسا و فقیه معارف اهل بیت (ع)؛
- مرحوم آیت الله میرزا علی فلسفی (متوفای 1384ش.= 1427ق.)، استاد بزرگ فقه واصول و آینة اخلاص و فروتنی؛
- آیت الله العظمی شیخ حسین وحید خراسانی (متولد 1300ش.= 1329ق.)، استاد مسلم فقه و اصول و مرزبان ولایت؛
- آیت الله شیخ محمد واعظزاده (متولد 1304ش.= 1343ق.)، محقق بزرگ تفسیر و حدیث و فقه؛
- آیت الله سید حسن صالحی (متولد 1306ش.= 1345ق.)، مدرس بزرگ فقه و مربی اخلاق؛
و …